El INIDEP es el organismo encargado de asesorar al Estado Argentino en el uso racional de los recursos pesqueros sostenibles, con el objeto de preservar el ecosistema marino para las generaciones futuras. Las líneas de investigación principales son:
- Evaluación y prospección de los recursos pesqueros para la explotación y manejo sostenible.
- Dinámica de las poblaciones de organismos marinos.
- Oceanografía biológica, física y química. Análisis de las variaciones interanuales de los parámetros ambientales en relación con cambios climáticos.
- Ecología. Investigar los efectos derivados de la actividad humana sobre los ecosistemas, alteración del hábitat y de la estructura de las poblaciones, sus consecuencias sobre las pesquerías.
- Desarrollo de técnicas de cultivo en organismos de interés comercial.
- Tecnología de productos y procesos pesqueros aplicada al desarrollo óptimo de alimentos.
- Desarrollo de técnicas y artes de captura
- Economía pesquera